We współpracy z krajowymi i zagranicznymi partnerami MSAP UEK realizuje projekty aplikacyjne, służące doskonaleniu działalności administracji samorządowej i rządowej. Do najważniejszych należą projekty dotyczące opracowywania i wdrażania programów doskonalenia zarządzania w administracji publicznej, rozwoju lokalnego i regionalnego, tworzenia instytucji finansowych służących rozwojowi lokalnemu, współpracy międzynarodowej władz samorządowych oraz komunikowania i partycypacji społecznej.