Małopolska Szkoła Administracji Publicznej Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie od lat realizuje studia podyplomowe na zamówienie. Współpracując z dużymi korporacjami i przedsiębiorstwami (Grupa PZU, Commercial Union, Grupa Azoty), z instytucjami kultury (Narodowe Centrum Kultury), czy też realizując projekty dofinansowane ze środków Unii Europejskiej, na podstawie diagnozy potrzeb i konsultacji, MSAP UEK przygotowała i zrealizowała szereg programów studiów podyplomowych:

• Akademia Liderów Kultury (wraz z Narodowym Centrum Kultury),
• Zarządzanie dziedzictwem kulturowym i przyrodniczym pogranicza polsko-słowackiego,
  
• Kompetencje menedżerskie w korporacji międzynarodowej (wraz z Grupą Azoty),
• Ekonomia społeczna (w ramach projektu Zintegrowany system wsparcia ekonomii społecznej współfinansowanego ze środków UE),
• Akademia PZU (Grupa PZU),
• Commercial Union (Commercial Union S.A.).